上野恩賜公園の小松宮彰仁親王像の周囲に植栽されているサクラ。数字は管理番号を表す
かずさDNA研究所は、19都府県に植えられたソメイヨシノ46本の葉からゲノムDNAを抽出し、DNA配列を解析したところ、そのルーツが上野恩賜公園に植えられている4本である可能性を突き止めた。また、先祖型にもっとも近かったのは、現在原木候補とされている個体とは別の個体であることもわかった。
かずさDNA研究所は、全国16の大学、高校、研究機関と共同で、この研究を行った。東京の染井村（東京都豊島区）で生まれたとされるソメイヨシノは自家受粉ができないため、接ぎ木にで増やされ全国に植えられた、いわばクローンであるため、共通のゲノム配列を持つ。
しかしすべてがまったく同じではなく、繁殖の間の突然変異により塩基が1つだけ変異する一塩基変異が生じている。この変異を辿れば、ソメイヨシノの系譜がわかると考えた同研究所は、全国の46個体について調査を行った。それには、上野恩賜公園の小松宮彰仁親王像の周りに植えられた、ソメイヨシノの原木候補を含む4本をはじめ、そのほか、日本最長寿とされる弘前公園の個体、アメリカのワシントンD.C.から里帰りした個体なども含まれる。
ゲノム解析を行ったソメイヨシノの分布
解析の結果、684の一塩基変異が見つかり、そのうち71個の変異は複数の個体に共通していた。これをもとに遺伝子が類似する遺伝子クラスターに分類したところ、全国のソメイヨシノは大きく2つのグループ（グループIとグループII）に分けることができた。さらに、グループIは5つのクローン系統（Ia〜Ie）に分類された。上野恩賜公園の4本は、それぞれが異なるクローン系統に属していた。つまりこの4本が親木となり、接ぎ木されて全国に広がったと考えられる。ただし、もっとも先祖型に近かったのはグループIaで、これに属する個体は原木候補とされていた管理番号136の個体ではなく、管理番号133の個体であった。
ゲノム変異に基づいて分類した「ソメイヨシノ」のグループ
ソメイヨシノは、エドヒガンとオオシマザクラの交配種だが、人工的に作られたのか、自然交配によるものなのかはわかっていない。ゲノムに残る痕跡をさらに検討することで、その誕生の歴史を探ることができるという。また、この体細胞変異を追跡する技術を使えば、果樹などの登録品種の流出問題に関して、流出経路の特定ができる可能性もあると、かずさDNA研究所では話している。